Beylikler, atadan kalma topraklarda veya teşkilat kabiliyetinin yüksekliği, askeri ve idari güçleri sayesinde hüküm sürülen, Türk örf ve adetlerine göre idare edilen, merkezi otoritenin tam olarak hükmetmediği yine de merkezi otoriteye bağlı olarak belirli sınırlar içinde bulunan yerlerdir.
Sahil İzmir'in Haçlılar tarafından ele geçirilmesi, iç kesimlere yayılan bir işgal niteliğine bürünmese de, özellikle donanmanın yakılması Aydınoğullarına büyük bir darbe vurmuştu. Umur Bey’in ölümünden sonra Latinlerle yapılan ağır andlaşma şartlarıyla hüküm sürse de, Beylik fiili olarak hâkimiyetini kaybediyordu.
Bu arada Osmanlı Beyliği güçleniyor, Beylikler üzerinde toprak kazanıp üstünlük sağlıyordu. 1390 yılında Yıldırım Bayezid tarafından Alaşehir'in ele geçirilmesinden sonra Aydınoğlu İsa Bey Sultan'a bağlılık sunmuş, hâkim olduğu toprakları Osmanlılara bırakarak kendisi de Selçuk'tan Tire'ye taşınmıştı.
Tarihin cilvesi olarak çok güçlü iki Türk Devleti Ankara Ovasında karşı karşıya gelecekti. İki seçkin Türk önderi, bir bakıma çevrelerinin tutumuna tabi olmuşlardır. Böylesine iki büyük gücün, birisi "Cihangir" öteki ise "Yıldırım" olan şahsiyetlerin mücadelesinde Ankara Savaşında, Temurlu ordusu kazanacaktı.
Hemen sonrasında, Emir Temur, 1403 yılında İzmir’in Liman Kalesini fethedecektir.
“ Temür Beğ, sadece 15 ve 16. yüzyıllar için değil, günümüzden dahi sevgi ve sempati duymamız gereken bir şahsiyet olarak gözükür. Çünkü O, vaktiyle Aydınoğlu Gazi Umur Paşa'nın uğrunda şehit olduğu İzmir Liman kalesini, bir başka ifade ile Gâvur İzmir'i Hıristiyan şövalyelerinden almış ve Aydın oğullarına bahşetmiştir. Bu sebeple İzmir şehrinin bütününü Türklüğe kazandıran bu Türk kumandan ve önderine, saygı duyulmalıdır.
İlk akla gelen husus, Temür ordusuna mensup bir kısım Çağataylıların, iklimini ve bazı
özelliklerini beğenmiş oldukları bu ülkede kalmış olabilmeleri ihtimal dahilindedir. Çağatay
ordusunda kalan bu insanların yerleştiği iskan yerleri, veya mahallelerin zaman içinde onların
adlarını almaları olağan bir durum kabul edilmelidir. Hemen belirtelim ki, bu devirde, Temür ordusu da, sadece askerlerin değil, aynı zamanda ailelerinin de birkaç konak geriden
gelebildiği bir gerçektir. İzmir’in fethinin, insan unsuru açısından dikkate değer sosyal uzantılarından söz edilebilir. Bir kısım Çağataylıların Aydın, Menteşe ve Saruhan sahasında kalmış olmalarıdır.”(T.Baykara)
Ankara Savaşı’ndan (1402) sonra, Timur tarafından memleketleri kendilerine geri verilen beylikler arasında Aydınoğulları da bulunmaktaydı. İzmir’in idaresi Musa Bey’e verildi fakat çok kısa bir süre sonra öldü (1403). Cüneyt Bey İzmir’e hâkim oldu. Kardeşleriyle de mücadele edip, Aydınoğlu Beyliğinin başına geçti, Ayasuluk (Selçuk) Alaşehir, Salihli ve Nif’i (Kemalpaşa) Aydınoğulları toprakları içine kattı.
İzmiroğlu(Aydınoğlu ) Cüneyd Bey, yiğit, yaptığı işe özen gösteren, askeri zekâsı yüksek bir kimse olarak karşımıza çıkmaktadır. Cüneyd Bey, Aydınoğlu Beyliği’nin idaresini eline geçirdikten sonra hâkimiyetini koruyabilmek için Osmanlı ile gerek siyasî gerek askeri olarak yoğun bir mücadele içinde olmuştur.
Çelebi Mehmed devrinden itibaren bu topraklar Osmanlı idaresine geçecek, İzmir ve çevresine bundan sonra devamlı bir Türk mührü vurulacaktır.